志贺氏菌是全球细菌性腹泻的第二大原因。最近,Shigella sonnei似乎正在取代正在经历经济发展的低收入和中等收入国家的Shigella flexneri。尽管如此,在基因组水平上关注这些物种的研究仍然很大程度上未被探索。在这里,我们比较了来自印度的S.flexneri和S.sonnei分离株的基因组序列与全球菌株的公开可用基因组。我们的分析为S.flexneri的所有系统发育群(PGs)的长期持续存在以及最近在印度的环丙沙星抗性S.sonnei谱系的优势提供了证据。在弗氏志贺菌PGs中,大多数研究分离株在血清型2的优势内属于PG3。对于S.sonnei,当前的流行病涉及属于中亚血统III的全球分布的多药耐药性(MDR)克隆。这种流行病学上占主导地位的血统与稳定的抗菌素耐药性(AMR)决定因素相关联,可在社区中成功生存。重要性志贺氏菌是全球细菌性腹泻的第二大原因。世界卫生组织(WHO)的全球抗菌素耐药性监测系统(GLASS)将其归类为肠道细菌中的优先病原体。最近,在正在经历经济发展的低收入和中等收入国家,S备孕期间不可以吃什么.sonnei似乎正在取代S.flexneri。S.flexneri和S.sonnei的抗菌素耐药性是一个日益引起国际关注的问题,特别是在多药耐药(MDR)谱系的国际优势下。在印度关注S.flexneri和S.sonnei的基因组研究仍然很大程度上未被探索. 本研究首次通过比较S.flexneri和S.sonnei的基因组序列,提供了有关印度耐药性志贺氏菌菌株引入和扩增的信息。>来自印度的分离株与全球菌株的公开可用基因组。这项研究在基因组水平上讨论了志贺氏菌的两个优势种之间的关键差异,以了解新兴和现有抗性克隆的进化趋势和基因组动力学。目前的工作证明了S.flexneri的所有PG的长期持续存在以及最近怀孕的最初征兆在印度对环丙沙星耐药的S.sonnei谱系的优势。
关键词:中亚III;志贺氏菌;抗菌素耐药性;多药耐药性试管婴儿成功率;泛基因组。
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