系统发育和进化分析揭示了环丙沙星抗性志贺氏菌最近在印度的优势和福氏志贺氏菌克隆的局部持久性

摘要

志贺氏菌是全球细菌性腹泻的第二大原因。最近，在经历经济发展的低收入和中等收入国家，志贺氏菌似乎正在取代弗氏志贺氏菌。尽管如此，在基因组水平上关注这些物种的研究仍然很大程度上未被探索。在这里，我们比较了来自印度的S.flexneri和S.sonnei分离株的基因组序列与全球菌株的公开可用基因组。我们的分析为弗氏志贺菌的所有系统发育群（PG）的长期持续存在以及印度最近环丙沙星抗性S.sonnei谱系的优势提供了证据。在弗氏志贺菌PGs中，大多数研究分离株属于血清型2优势的PG3。对于S.sonnei，当前的大流行涉及属于中亚血统III的全球分布的多药耐药（MDR）克隆试管婴儿同性别的多吗。这种流行病学上占主导地位的血统与稳定的抗菌素耐药性（AMR）决定因素相关联，可在社区中成功生存。重要性志贺氏菌全球细菌性腹泻的第二大原因。世界卫生组织（WHO）的人工授精丶助孕师试管婴儿同性别的多吗全球抗菌素耐药性监测系统（GLASS）将其列为肠道细菌中的优先病原体。最近，在经历经济发展的低收入和中等收入国家，S.sonnei似乎正在取代S.flexneri疑难解答。弗氏志贺菌和S.sonnei中的抗微生物药物耐药性是一个日益引起国际关注的问题，特别是在多药耐药（MDR）谱系的国际优势下。在印度，针对弗氏志贺菌和S.sonnei的基因组研究仍未得到充分探索。本研究提供了有关在印度引入和扩增耐药志贺氏菌菌株的信息首次通过比较来自印度的弗氏志贺菌和S.sonnei分离株的基因组序列与全球菌株的公开可用基因组。本研究在基因组水平上讨论了志贺氏菌的两个优势种之间的关键差异，以了解新兴和现有抗性克隆的进化趋势和基因组动态。目前的工作证明了弗氏志贺菌的所有PG的长期持续存在以及最近在印度耐环丙沙星S.sonnei谱系的优势。

关键词：中亚III;志贺氏菌;抗菌素耐药性;多药耐药性;pangenome。