葡萄（Vitis vinifera L.）中多聚半乳糖醛酸酶（PG）和果胶甲基酯酶（PME）基因的全基因组鉴定和表达谱

摘要

在果胶调节中，多聚半乳糖醛酸酶（PGs）和果胶甲基酯酶（PMEs）是植物原代细胞壁转化，分解网络和重塑的关键组分。在本研究中，我们使用葡萄的可用基因组资源鉴定了36PG和47PME基因。在这里，我们提供了PG和PME的全面概述，包括系统发育和共线性关系，基序和基因结构组成，基因重复，主成分分析和发育阶段的表达谱。PGs和PMEs的系统发育分析揭示了与拟南芥相似的结构域组成模式。共线性分析显示纯化选择具有高度保守性和基因重复性。重复类型在PG（分别为10个分散，1个近端，12个串联和13个节段）和PME（分别为23个分散，1个近端，16个串联和7个节段）中的基因数目方面也不同。根据报道的转录组数据，PG和PME基因的组织特异性应答在不同发育阶段的各个器官中表现出不同的表达模式。在PG中，VvPG8，VvPG10，VvPG13，VvPG17哈尔滨试管婴儿医院，VvPG18，VvPG19，VvPG20，VvPG22和VvPG23在发育过程中在大多数组织中显示组织或器官特异性表达。类似地，在pME中，VvPME3，VvPME4，VvPME5，VvPME6，VvPME19，VvPME21，VvPME23，VvPME29，VvPME31和VvPME32提示高组织特异性反应。基因本体论（GO），京都基因与基因组学百科全书（KEGG）富集和顺式元素预测分析也表明PGs和PMEs在植物发育中的推定功能，如果胶和碳水化合物代谢以及胁迫活动。此外，qRT-PCR有效32PG和PME基因的表达揭示了它们在葡萄的各种器官（即根，茎，卷须，花序，肉，皮和叶）中的作用。因此，这些发现将带来新的见解，并鼓励对水果作物物种中PG和PME功能表征的尖端研究。

关键词：表达谱;基因重复;葡萄;多聚半乳糖醛酸酶（PGs），果胶甲基酯酶（PMEs），共线性分析。