糖胺聚糖(GAG)是蛋白多糖(PG)的线性碳水化合物组分,并且是PG在动物组织中的生物活性的关键介质。GAG是异质的,构象复杂的和多分散的,含有多达200个单糖单元做试管三代多少钱。这些复杂性使得研究GAG构象成为现有实验和计算方法的挑战。我们之前描述了我们开发的算法,该算法应用来自非硫酸化软骨素GAG 20-mers的分子动力学(MD)模拟的构象参数(即所有键长,键角和二面角)来构建任意长度的非硫酸化软骨素GAG的3-D原子分辨模型。在当前的研究中,我们将算法应用于其他GAG,包括透明质酸和非硫酸化形式的皮肤素,角质素和乙酰肝素,并扩展了MD生成的GAG构象数据库。在这里,我们显示透明质酸和非硫酸化皮肤素,角质素和乙酰肝素的10和20聚体中的单个糖苷键和单糖环在MD模拟中随机且独立地表现,因此,使用MD生成的20聚体构象数据库,我们的算法可以构建各种GAG类型的10聚体和20聚体的构象**,这些**准确地代表了MD模拟中看到的骨架灵活性。此外,我们的算法有效地构建了GAG 200-mers的构象**,我们可以从MD模拟中合理预期。
关键词:碳水化合物构象;碳水化合物柔韧性;皮肤素;显性溶剂;力场;糖胺聚糖;糖苷键;乙酰肝素;透明质酸;角质素;分子动力学;蛋白聚糖;环褶皱。
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